国土交通省では、平成19年(1月~12月)の全国一級河川109水系1,117地点における水質現況を公表した。この調査は、昭和33年から一級河川(直轄管理区間)で実施しているもの。平成19年は、河川、湖沼、海域全体で、BOD(またはCOD)値が環境基準を満たしている地点の割合が88%と過去最高であり、河川における調査地点の約93%でサケやアユが生息できる良好な水質を維持していた。また、調査地点の約8割が、水浴場判定基準により「適」または「可」と判定された。さらに、ダイオキシン類の調査地点の約96%が水質環境基準を満足し、要監視濃度(環境基準値の1/2)以下であった。なお、河川平均水質ランキング1位は、尻別川、沙流川、荒川(阿武隈川水系)、黒部川、宮川、高津川、川辺川であり、下位は、大和川が1位、綾瀬川が2位であった。ただし、ランキング下位の河川でも過去20年で大幅な改善が見られた。