東北大学や米国海軍研究所・スミソニアン国立自然史博物館に籍を置く研究者が率いる学際的研究チームは、携帯式シーケンサー（Oxford Nanopore製）等を用いて海水中の環境DNAを現場で分析する手法（以下「FeDS: Fieldable Environmental DNA Sequencing」）を確立した。同研究チームは、少量の原水サンプル等から簡便かつ大量に塩基配列データを取得できる「環境DNA」調査の有効性を踏まえ、よりリアルタイムで環境DNAを評価できるFeDSキットを試作した。アメリカ合衆国フロリダ州にある列島Florida Keysのマングローブ林で海水サンプルを採取し、濾過した後にポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によるDNA増幅を行い、携帯式シーケンサーに注入するといった流れで、専用ソフトウェアとデータベースがインストールされているノートPCを用いて塩基配列を分析したところ、53種のクラゲを判別することに成功した。インターネットに接続できない環境下でもメタバーコーディングの全過程を実施することが可能で、調査地に棲息する毒クラゲや希少種も識別できたことから、ターゲット種の有無をリアルタイムで発信するアプリ開発への応用などが期待できるという。
| 情報源 |
【オンライン情報源1】 東北大学 プレスリリース・研究成果 |
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| 配布形式1 |
【交換形式名称】HTML 【版】不明 |
| タイトル | 東北大など、海水域における環境DNAオンサイト分析手法を開発 |
|---|---|
| 日付1 |
刊行日: 2021/05/21 |
| 要約 | 東北大学や米国海軍研究所・スミソニアン国立自然史博物館に籍を置く研究者が率いる学際的研究チームは、携帯式シーケンサー（Oxford Nanopore製）等を用いて海水中の環境DNAを現場で分析する手法（以下「FeDS: Fieldable Environmental DNA Sequencing」）を確立した。同研究チームは、少量の原水サンプル等から簡便かつ大量に塩基配列データを取得できる「環境DNA」調査の有効性を踏まえ、よりリアルタイムで環境DNAを評価できるFeDSキットを試作した。アメリカ合衆国フロリダ州にある列島Florida Keysのマングローブ林で海水サンプルを採取し、濾過した後にポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によるDNA増幅を行い、携帯式シーケンサーに注入するといった流れで、専用ソフトウェアとデータベースがインストールされているノートPCを用いて塩基配列を分析したところ、53種のクラゲを判別することに成功した。インターネットに接続できない環境下でもメタバーコーディングの全過程を実施することが可能で、調査地に棲息する毒クラゲや希少種も識別できたことから、ターゲット種の有無をリアルタイムで発信するアプリ開発への応用などが期待できるという。 |
| 目的 | ニュースリリース等の配信 |
| 状態 | 完成 |
| 問合せ先（識別情報）1 |
【組織名】東北大学 【役職名】 【個人名】 【電話番号】 【FAX番号】 【住所】 【E-mail】 【オンライン情報源】東北大学 【案内時間】 【問合せのための手引き】 【役割】情報資源提供者 |
| 問合せ先（識別情報）2 |
【組織名】Oxford Nanopore 【役職名】 【個人名】 【電話番号】 【FAX番号】 【住所】 【E-mail】 【オンライン情報源】Oxford Nanopore 【案内時間】 【問合せのための手引き】 【役割】情報資源提供者 |
| 分野 | 自然環境 |
| 種別 | ニュース・イベント:ニュース:国内ニュース |
| 場所 | アジア:日本 |
| キーワード | ターゲット種、PCR、希少種、フロリダ州、マングローブ林、携帯式シーケンサー、塩基配列データ、Florida Keys、メタバーコーディング、毒クラゲ |
| 言語1 | 日本語 |
| 文字集合1 | utf8 |
| 主題分類 | 環境 |
| ファイル識別子 | 109170 |
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| 言語 | 日本語 |
| 文字集合 | |
| 親識別子 | |
| 階層レベル | 非地理データ集合 |
| 階層レベル名 | 国内ニュース |
| 日付 | 2021/05/25 |
| メタデータ標準の名称 | JMP |
| メタデータ標準の版 | 2.0 |
| 国内ニュース | https://tenbou.nies.go.jp/news/jnews/detail.php?i=31873 |
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