総務省、文部科学省、農林水産省、国土交通省及び環境省では、平成28年4月21日に「琵琶湖の保全及び再生に関する基本方針」を定めたと発表した。平成27年9月28日に、琵琶湖の保全及び再生を図ることを目的に「琵琶湖の保全及び再生に関する法律」が公布・施行された。同法は、琵琶湖を国民的資産と位置づけ、健全で恵み豊かな湖として保全及び再生を図り、もって近畿圏における住民の健康な生活環境の保持と近畿圏の健全な発展に寄与し、湖沼がもたらす恵沢を将来にわたって享受できる自然と共生する社会の実現に資することを目的としている。今回の基本方針は、同法第2条に基づき、国は定めたもので、琵琶湖保全再生施策に関する基本的な事項として、以下の6つをあげ、今後の対策の方向性をまとめている。1）水質の汚濁の防止及び改善、2）水源の涵養、3）生態系の保全及び再生、4）景観の整備及び保全、5）農林水産業、観光、交通その他の産業の振興、6）教育の充実等。