環境省は、平成21年度「生物多様性保全推進支援事業」の対象となる活動等を公募している（応募締切：平成21年1月30日必着）。同事業は、自然共生社会づくりを推進するために平成20年度から実施しているもので、地域における生物多様性の保全・再生に資する活動等に対し、委託事業と交付金事業を行う。委託事業（国費10/10）では、協議会の運営、事業実施計画の策定、協議会の活動に関する広報、効果の把握・評価等を行う。交付金事業（国費1/2）では、[1]野生動植物保護管理対策、[2]外来生物防除対策、[3]重要生物多様性地域対策の3つの支援メニューのいずれかに合致し、地域における生物多様性の保全再生に資する活動等に対し、必要な経費を交付する。公募対象は、原則として２つ以上の主体から構成され、地方公共団体等の参加を得た「地域生物多様性協議会」（事業開始までの設置見込を含む）となっている。