農林水産省は、環境保全型農業の生物多様性保全効果を科学的に評価するための手法を開発し、「農業に有用な生物多様性の指標生物調査・評価マニュアル」として作成・公表した。今回開発された評価手法は、指標となる生物（主に害虫の天敵となる昆虫類）の個体数を調査し、それを点数化することで環境保全型農業の取組効果を評価するというもの。指標となる生物や点数化する際の基準となる個体数は、地域（北日本、関東、中部、近畿、中国・四国、九州）や作目（イネ、果樹・野菜）によって異なり、同マニュアルには、各地域の代表的な作目についての評価方法が示されている。平成24年2月に改定された農林水産省生物多様性戦略では、生物多様性をより重視した持続可能な農林水産業のさらなる推進を目指している。同省では、今回の評価手法を、農業改良普及センター職員や病害虫防除所職員等の一定の専門知識を持つ人のほか、環境保全型農業や農地の生物に関心のある人々が活用することで、環境保全型農業など生物多様性保全に効果のある農業が一層推進されることが期待されるとしている。