環境省、林野庁、文化庁、東京都及び小笠原村は、平成30年3月29日、現行計画を見直し「世界自然遺産小笠原諸島管理計画」を策定したと発表した。これは、近年、小笠原諸島をめぐっては、新たな地域への外来種の侵入に伴い、総合的な外来種対策の見直しが必要となっている一方で、特定の外来種対策の進展に伴い、固有種の回復が確認されるなど、現行計画の策定から8年の間に、世界自然遺産登録もはさみ、様々な状況の変化が見られたものによるもの。 計画は、管理機関が遺産地域を含む小笠原諸島全体における自然環境の保全管理を適正かつ円滑に進めるために、各種制度の運用及び保全管理の推進等に関する基本的な方針を明らかにするものとしている。保全管理の推進に当たっては、その他の行政機関、小笠原諸島に居住する村民、観光業・農業・漁業など関係する事業者、研究者や NPO、観光等を目的とした来島者などの様々な関係者と保全管理の目標を共有し、相互に緊密な連携を図るという。