国内最大規模の環境保護団体である（公財）日本自然保護協会は、北海道猿払村などで計画されている「（仮称）宗谷丘陵南風力発電事業」について、生物多様性への影響が甚大であるとして事業中止を求めてジャパン・リニューアブル・エナジー株式会社に意見書を提出した。同団体は1951年に創立。ダム計画が進められていた尾瀬の自然保護を皮切りに、屋久島や小笠原、白神山地などでも活動を続けて世界自然遺産登録への礎を築き、今でも日本全国で壊れそうな自然を守るための様々な活動を続けている。カーボンニュートラルとネイチャーポジティブの両立を目指して、自然環境に配慮した立地での再生可能エネルギーの推進を提唱している。今回、風力発電所の計画地は絶滅危惧種である幻の魚イトウの国内最大の産卵地で、事業によるイトウの生息への影響は免れず甚大であるとしてジャパン・リニューアブル・エナジー社に中止を求めた。国内の風力発電事業計画の中でも、生物多様性上、最大級に問題がある計画と断じている。