環境省は、平成21年度に国及び地方公共団体が水質汚濁防止法に基づき実施した、全国の公共用水域水質測定結果を公表した。同調査での測定項目は、カドミウム、全シアンなど人の健康の保護に関する項目と、BOD又はCODなど生活環境の保全に関する項目に大別される。今回、健康項目27項目での環境基準達成率は99.1%と、ほとんどの地点で環境基準を達成した。一方、生活環境項目のうち、BOD又はCODの環境基準達成率は全体で87.6%となり、水域別では、河川で92.3%、湖沼で50.0%、海域で79.2%となった。河川では達成率がおおむね横ばいで推移し、海域では前年度と同程度の水準となったが、湖沼では依然として達成率が低い状況にある。また、全窒素及び全燐の環境基準達成率は、湖沼においては52.2%となっており、依然として低い水準で推移している。一方、海域においては81.5%となった。