環境省は、平成21年度の地下水質測定結果を公表した。この調査は、水質汚濁防止法（水濁法）の第15条及び第16条に基づき、国、都道府県及び同法の事務を実施する市で毎年度実施しているもので、水濁法に定められた有害物質（28項目：平成21年度末現在）について、地下水質の測定結果等が取りまとめられている。平成21年度の結果によると、全国的な地下水質の状況については、VOC（揮発性有機化合物）が過去5年間に環境基準を超過した井戸がある市町村は402で、全市町村の23%を占めた。同様に、環境基準を超過した井戸がある市町村の割合は、重金属では22%、硝酸性窒素及び亜硝酸性窒素では31%であった。また、地域の全体的な状況を把握するための調査である「概況調査」の結果をみると、全体の環境基準超過率（何らかの項目で環境基準を超過した井戸数／全調査井戸数）は5.8%であった。