環境省は、海洋の生物多様性の保全及び持続可能な利用を目的とし、基本的な考え方と施策の方向性を示した「海洋生物多様性保全戦略」を策定した。同保全戦略は、国内外の海洋の生物多様性の現状悪化や、海洋の生物多様性保全に対する関心の高まりを背景とし、海洋基本計画（平成20年閣議決定）を踏まえ、生物多様性国家戦略2010（平成22年閣議決定）に基づいたもので、海洋の生態系の健全な構造と機能を支える生物多様性を保全して、海洋の生態系サービス（海の恵み）を持続可能なかたちで利用することを目的とする。同戦略は、主として排他的経済水域までの我が国が管轄権を行使できる海域を対象とし、海洋環境と生物多様性の特徴やそこから得られる生態系サービス、海洋の生物多様性に及ぼす人間活動の影響を整理し、海洋の生物多様性の保全及び持続可能な利用について基本的な視点と施策を展開すべき方向性を示している。特に、これまで我が国で明確に定義されていなかった「海洋保護区」について、その定義と考え方を明らかにした。