長崎県は、平成24年度の公共用水域及び地下水の水質測定結果を公表した。同県では、水質汚濁防止法第15条の規定に基づき、県内の公共用水域（河川・湖沼・海域）及び地下水の水質測定を実施している。平成24年度の結果は以下のとおり。1）公共用水域：健康項目は、河川2地点で環境基準を超過し、環境基準達成率は98.8%であった。また、生活環境項目のBOD・CODの環境基準達成率は河川（BOD）98.2%、湖沼（COD）0%、海域（COD）77.6%であった。また、富栄養化の度合いを示す全窒素・全燐の環境基準達成率は、湖沼0%、海域54.5%であった。2）地下水の概況調査では、全地点で環境基準を達成した。また、汚染井戸周辺地区調査では27地点中26地点で、継続監視調査では35地点中19地点で環境基準を達成した。