環境省は、平成28年7月22日、「新門司沖土砂処分場（II期）公有水面埋立事業」の環境影響評価書に対する環境大臣助言を福岡県知事・苅田港港湾管理者・北九州市長・北九州港港湾管理者に提出した。同事業は、国土交通省九州地方整備局が、福岡県北九州市及び苅田町地先海域において、航路の整備に伴い発生する浚渫土砂を埋め立てるために、約250haの土砂処分場を新たに設けるもの。事業実施区域及びその周辺海域は、瀬戸内海に位置し、水質に関する環境基準が未達成で、また近隣に曽根干潟が位置している。さらに、護岸工事では床掘置換工法の採用、埋立工事では追加的なダンピングポケットの設置による一部浚渫土砂の仮置きが計画されている。今回の環境大臣助言では、1）事後調査及び環境監視を実施し、必要に応じて追加的な環境保全措置を講ずること、2）追加的な環境保全措置の具体化に当たっては、客観的に検討するとともに、透明性の確保に努めること、3）調査結果の公表、工法の再検討及び瀬戸内海における新たな埋立の可能な限りの回避等を求めている。