環境省は、新潟港（西港区）公有水面埋立事業に係る環境影響評価書について、平成25年6月14日付けで新潟県知事に対し、環境の保全の見地からの環境大臣助言を実施した。環境大臣の助言規定は、規模が大きく環境影響が著しいものとなるおそれのある事業について、環境の保全に適正な配慮がなされることを確保するため創設された。同事業は、新潟西港において、港湾機能維持のために行う信濃川河口部の浚渫により生ずる土砂等を用いて約54ヘクタールの海面を埋め立てるもので、国際的に海洋投入処分が原則禁止になったことによる海洋投入処分抑制の必要性等の背景から港湾計画に基づき計画されたもの。今回、創設後初となる環境大臣の助言では、1）浚渫土砂の処分方法検討における沿岸自然環境への配慮、2）浚渫土砂排送設備の稼働時における騒音及び振動の予測・評価、3）排砂管の撤去時における水質の予測・評価、について指摘がなされた。