環境省は、高病原性鳥インフルエンザウイルス（H5N6亜型）について、野鳥等における確認事例が過去最多の50件（11道県、55例）となり、家きんでも2県で4例となったことから、都道府県の鳥獣行政担当部局長に対する事務連絡を発し、野鳥の監視を徹底するよう要請した。11月初旬に北海道や秋田における飼育下のコクチョウの検査結果が陽性となり、その後11月18日に鹿児島県出水市で回収された野鳥（ナベヅル）がH5N6亜型に感染していることが明らかとなった。そのため、平成28年11月21日に「野鳥における高病原性鳥インフルエンザに係る対応技術マニュアル」における全国の対応レベルが3に引き上げられている。今後も、個々の案件について、通常は鳥インフルエンザウイルスが人間に感染しないことを理解し、感染した鳥との濃密な接触等を避け、取材などを慎み、同マニュアルに準じて適切な対応を取るように促している。