国立環境研究所（国環研）、環境省及び滋賀県は、滋賀県琵琶湖環境科学研究センター内に研究連携拠点（国環研琵琶湖分室）を設置するに当たって、平成29年2月17日に「湖沼環境研究分野の研究連携拠点における連携協力に関する基本協定」を締結する。同基本協定の内容は、1）琵琶湖における湖沼環境研究の実施、2）湖沼環境研究に関する情報の収集および発信、3）湖沼環境研究に関する人材交流および人材育成、4）研究成果の活用・実用化に関する事項など。今後、3者は密接な連携の下で湖沼環境研究を推進し、琵琶湖の保全および再生に資するとともに湖沼環境研究の更なる発展と研究成果の活用・実用化を図るため、「琵琶湖モデル・水環境ビジネス推進プロジェクト」など、地方創生につながるプロジェクトを推進するという。