神戸市、明石市及び関係団体は、平成29年4月1日に「明石・神戸アカミミガメ対策協議会」を設立した。同市は、西区明石川水系の河川や周辺のため池において、平成26年度より淡水ガメの生息実態調査を実施し、平成27年度より市民との協働によるアカミミガメの防除を実施している。また、平成28年度より環境省や明石市と連携し、神戸・明石両市域の明石川水系及び瀬戸川水系におけるアカミミガメ対策を実施してきた。同協議会は、これらの取組をより強力に推進するために、国の交付金と両市の負担金のもと設立されたもので、アカミミガメ等の外来生物の一体的な防除等を、同年6月19日から本格的に開始する。各市が単独で行うよりも効果的な防除が期待でき、在来の生態系の回復・保全に寄与することができるという。