環境省は、ニホンザルの生息状況や被害状況を踏まえ、特定鳥獣保護・管理計画作成のためのガイドラインを改定した。このガイドラインは、鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律に基づき、全国的な見地から都道府県に技術的な支援を行うために制定されている。平成11年の法律改正により創設された特定鳥獣保護管理計画制度に基づき、平成28年にはニホンザル編のガイドラインが作成、これを基に全国29府県で特定計画が策定されている。特定計画の実施により、被害が軽減された地域もあるが、ニホンザルの生息数や分布域が増加し続け、被害が依然として続いている地域もある。改定ガイドラインでは、特に加害レベルが高い群れに対して、全頭捕獲を含む群れ数の優先的な減少を進める方針が示された。捕獲実施の意思決定過程を合理化し、迅速な被害軽減が図られる。また、地域個体群の保全基準が不明確であるという課題に対処するため、管理を進める上で配慮が必要な地域（要配慮地域）を選定し、その地域における捕獲実施の配慮事項も示された。このガイドライン改定は、ニホンザルによる被害を効果的に軽減し、生態系のバランスを保つことを目的としており、全国的な視点での技術的支援を通じて、地方自治体が適切な管理計画を策定し、実行することが期待される。