環境省と国土交通省は、平成24年度全国水生生物調査の結果及び平成25年度調査の実施を発表した。両省は、水生生物を指標として河川の水質を総合的に評価するとともに、環境問題への関心を高めるため、一般市民等の参加を得て全国水生生物調査を実施している。平成24年度の調査の参加者は61,818人（前年度55,772人）で、そのうち一級河川では15,621人、その他の河川では46,197人であった。全国2,432地点で、河川の水生生物を調査することにより水質の判定が行われた結果、全調査地点の59%の地点でサワガニやカワゲラ類等の指標生物の生息が確認され、「きれいな水」と判定された。なお、両省では、平成25年度も同調査を実施するとし、各都道府県の環境部局及び各地方整備局等の窓口等で参加者を募集している。また、平成25年度調査より、平成23年度に見直しを行った、更新の指標生物で調査するという。