環境省と国土交通省は、平成23年度全国水生生物調査の結果及び平成24年度調査について発表した。両省は、水生生物を指標として河川の水質を総合的に評価するとともに、環境問題への関心を高めるため、一般市民等の参加を得て全国水生生物調査を実施している。平成23年度の全国水生生物調査の参加者は55,772人（前年度71,395人）で、東日本大震災の影響による参加者の減少が見られた。そのうち一級河川では12,821人、その他の河川では42,951人であった。全国2,333地点で、河川の水生生物を調査することにより水質の判定が行われた結果、全調査地点の55%の地点でサワガニやカワゲラ等の指標生物の生息が確認され、「きれいな水」と判定された。なお、両省では、平成24年度は、平成23年度に引き続き、東日本大震災の影響に配慮して同調査を実施するとし、各都道府県の環境部局及び各地方整備局等の窓口等で参加者を募集している。また、川の水のよごれ（水質ランク）をより判別しやすくすることを目的として、指標生物の見直しを行ったという。