北海道大学、龍谷大学および国立環境研究所などの研究グループは、全国の河川で環境DNA調査を行い、ニホンウナギの分布を推定した。環境中の水を調べるだけでそこに生息している生物の情報が得られる環境DNA分析は、絶滅危惧種などの調査に有用であり、また生物の個体数が多ければ環境DNAも多く放出されると予想されるため、環境DNA濃度から生物量も把握できる可能性がある。同研究グループは、環境省やIUCNによって絶滅危惧種に指定されており、また岩陰や砂泥中に潜って暮らし採捕が難しいニホンウナギについて，環境DNA調査によって全国的な資源量の把握を試みた。北海道から沖縄に至る全国の265河川・365地点を調査したところ、関東以西の本州太平洋側や瀬戸内海、そして九州西岸の河川で多く生息していること等が分かった。南方から海流によって日本まで運ばれてくるシラスウナギ（ウナギの仔魚）輸送状況のシミュレーション結果とよく一致し、海洋での仔魚期の輸送がウナギ分布を決める主要因と考えられるという。