山梨大学ほか3大学・1機関・2博物館からなる研究グループは、化石などの微量のDNA配列を解析する手法（古代DNA解析）を駆使して、ニホンオオカミの系統と起源等に関する新仮説を打ち立てた。ニホンオオカミは、ユーラシア大陸から北米に分布するハイイロオオカミの日本固有の亜種で、20世紀初頭に絶滅したとされる（環境省RLカテゴリー：Extinct）。体サイズが比較的小さく、島嶼部特有の進化（島嶼化）を遂げてきたと考えられている。保存されている剝製標本はわずかであるが、東北以南で多くの遺骸が発見されている。最古の遺骸は約9000年前のものであり、それ以前の最終氷期（7万年前～1万年前）の間に祖先がどのような進化の道筋を辿ったか、長年論争が続いている。ニホンオオカミの進化史を巡っては、2万年前より以前に日本列島に生息していたオオカミ（以下「更新世オオカミ」）との関連性が論点となっている。近年では、ミトコンドリアDNA研究の成果に基づき、ニホンオオカミ系統の分岐が比較的早かったことや、北海道に生息していたエゾオオカミとは別系統であることが分かっている。こうした手がかりを踏まえ、同研究グループは、ニホンオオカミの遺伝的起源を解明するために、3万5000年前のオオカミ化石と5000年前のニホンオオカミの遺骸（いずれも栃木県佐野市産）から採取した試料の古代DNA解析を行った。その結果、ミトコンドリアDNA解析から、3万5000年前のオオカミはニホンオオカミとは全く異なり古くに分岐した更新世オオカミの一系統であることが明らかとなった。さらに核ゲノムの解析からこの二つの系統には遺伝的な関係があり、さらに現在の大陸に生息する系統ともつながることが確かめられた。今回の結果から考えられるニホンオオカミの進化的起源は次のようになる。まず更新世オオカミは5万7000年前～3万5000 年前の間に大陸から日本列島へ渡り、その後、シベリアの更新世オオカミと現生オオカミの祖先系統と遺伝的交流を持つオオカミが、3万7000年前～1万4000年前の間に渡来し、先に入っていた更新世オオカミの系統と交雑してニホンオオカミは成立したことが明らかになった。これまでの仮説（①更新世オオカミはニホンオオカミの直接の祖先、②両者は全く別種）のどちらとも異なり、ニホンオオカミが5.7-3.5万年前および3.7-1.4万年の系統に由来する複雑な遺伝的背景によって極めてユニークなゲノム情報を持つに至ったことが明らかになった。