環境省は、（仮称）僧都ウインドシステム発電事業に係る環境影響評価準備書について、平成24年11月29日付けで経済産業大臣に対し、環境影響評価項目の再検討、騒音・低周波音及び動植物等に関する環境保全措置並びに事後調査等を求める環境大臣意見を提出した。同事業は、四国風力発電（株）及び（株）ジャネックスが愛媛県南宇和郡愛南町において、最大19,200kW（2,400kW級風力発電機最大8基）の風力発電所を新設するもの。対象事業実施区域周辺には、複数の住居等が存在し、サシバやハチクマ等の猛禽類が確認されている。今回の環境省意見では、主に以下の指摘がなされた。1)環境影響評価項目の再検討をすること（特に工事の実施による「水の濁り」、「生態系」及び「廃棄物等」等）、2)騒音及び低周波音の環境保全措置についての再検討、3)動物及び植物の追加調査の実施、4)鳥類等の衝突に関する予測についての事後調査の実施。