環境省は、「那覇空港滑走路増設事業」に係る環境影響評価書について、平成25年8月5日付けで国土交通大臣、沖縄県知事及び那覇港管理組合に対し、環境大臣意見及び助言を提出した。同事業は、那覇空港の現行滑走路の西側1,310mの沖において、約160haの公有水面を埋め立て2,700mの滑走路を増設するもの。対象事業実施区域は、沖縄本島南部における最大規模の海草藻場であるとともに、大嶺岬周辺沿岸や具志干潟が環境省の「日本の重要湿地500」に選定されている。このため、事業実施区域及びその周辺への環境影響ができる限り回避・低減されるよう、以下の措置を適切に講ずるとともに、その旨又は予測・評価若しくは検討結果について評価書に記載すること、と指摘された。1）連絡誘導路の通水路部、2）潮流・底質、3）海草藻場及びカサノリ類の順応的管理、4）サンゴ類及びクビレミドロの移植、5）事後調査、6）航空機騒音、7）埋立用材及び緑化資材、8）温室効果ガス、9）環境監視委員会。