長崎県は、平成28年度の公共用水域及び地下水の水質測定結果を公表した。同県と長崎市、佐世保市等では、水質汚濁防止法第15条第1項の規定に基づき、県内の公共用水域（河川・湖沼・海域）及び地下水の水質測定を実施している。平成28年度の結果は以下のとおり。1）公共用水域：健康項目は、全地点で環境基準を達成した。生活環境項目のBOD・CODの環境基準達成率は、河川（BOD）100%、湖沼（COD）0%、海域（COD）85.5%であった。富栄養化の度合いを示す全窒素・全燐の環境基準達成率は、湖沼0%、海域45.5%であった。2）地下水の概況調査及び汚染井戸周辺地区調査では、全地点で環境基準を達成した。また、継続監視調査では36地点中17地点で環境基準を達成した。