長崎県は、平成23年度の公共用水域及び地下水の水質測定結果を公表した。同県、長崎市、佐世保市等では、水質汚濁防止法第15条の規定に基づき、県内の公共用水域（河川・湖沼・海域）及び地下水の水質測定を実施している。平成23年度の結果は以下のとおり。1)公共用水域：(1)健康項目については、河川3地点で環境基準を超過し、環境基準達成率は98.2%であった。(2)生活環境項目のBOD・CODの環境基準達成率は河川100%、湖沼0%、海域88.2%であった。また、富栄養化の度合いを示す全窒素・全燐の環境基準達成率は、湖沼0%、海域72.2%であった。2)地下水の概況調査では、全地点で環境基準を達成した。また、汚染井戸周辺地区調査では3地点、継続監視調査では15地点で環境基準を超過した。