環境省は、川口土地区画整理事業計画段階環境配慮書について、平成25年6月14日付けで、国土交通大臣に対し、配慮書以降の環境影響評価手続において、適切な環境配慮が実施されるよう環境大臣意見を提出した。配慮書手続は、可能な限り早期の段階において、できる限り位置等の複数案を設定した上で、環境の保全の見地からの検討を加えることで、重大な環境影響についてより柔軟な環境保全措置の実施を可能となることから、平成25年4月から環境影響評価法に導入された。同事業は、圏央道（首都圏中央連絡自動車道）八王子西インターチェンジ近傍に流通・産業拠点を整備するもの。事業計画地内では過年度にオオタカの営巣が確認されたことなどから、事業者等により計画地内及びその周辺に生息する重要な種及びその生息環境に関する追跡調査が実施されている。今回、創設後初となる環境大臣意見では、1）配慮書以降の検討経緯等、2）希少猛禽類、3）水生生物等、4）景観、について指摘がなされた。