国土交通省は、平成25年の全国一級河川109水系における水質現況を公表した。この調査は、昭和33年から一級河川（直轄管理区間）で実施しているもの。平成25年は、一級河川（湖沼及び海域を含む）でBOD・COD値が環境基準を満たした地点の割合は90%となった。また、過去10年間にBOD値が大幅に改善されている地点は、太子橋（大和川水系大和川）、亀の子橋（鶴見川水系鶴見川）、遠里小野橋（大和川水系大和川）、秋山川末流（利根川水系秋山川）、浅香新取水口（大和川水系大和川）及び市坪（重信川水系石手川）であった。また、直轄管理区間に複数の水質調査地点を有する河川のうち、年間の平均的な水質（BOD値）が最も良好な河川は、尻別川、荒川（阿武隈川水系）、庄川、安倍川、小鴨川、高津川、仁淀川、吉野川、川辺川、五ヶ瀬川の全10河川であり、そのBOD値は0.5mg/Lであった。なお、今年から、河川の現況をより理解できるようパンフレットをホームページに掲載している。