国土交通省は、平成28年の全国一級河川における水質現況を公表した。同省では、昭和33年から一級河川（直轄管理区間）で水質調査を実施している。平成28年は、有機汚濁の代表的な指標であるBOD・CODの環境基準を満たした地点の割合は91%（河川97%、湖沼等38%）となった。また、水質が最も良好な河川は、尻別川、後志利別川、鵡川、沙流川、荒川（阿武隈川水系）、玉川、安倍川、櫛田川、宮川、北川、小鴨川、佐波川、仁淀川、厳木川、球磨川、川辺川、小丸川及び五ヶ瀬川の全18河川であった。さらに、下水道の整備や行政と流域住民が協働で行ってきた生活排水対策や環境学習の推進等の取組み等により、中野橋（淀川水系山科川）、亀の子橋（鶴見川水系鶴見川）ではこの10年間でBOD値が5.0mg/l以上改善された。