国土交通省は、平成21年（1月～12月）の全国一級河川109水系1,103地点における水質現況を公表した。この調査は、昭和33年から一級河川（直轄管理区間）で実施しているもの。平成21年は、一級河川（湖沼及び海域を含む）でBOD（またはCOD）値が環境基準を満たしている地点の割合が91%となり、2年連続で過去最高を更新した。これを地点の種類別に見ると、河川のみでは96%、湖沼のみでは38%であった。また、過去10年間のBOD値の改善幅が最も大きい河川は、綾瀬川（利根川水系）であり、河川の平均水質（BOD値）ランキングで、全国一位となったのは、尻別川、後志利別川、鵡川、沙流川、姫川、黒部川、宮川、川辺川であった。さらに今回、従来のBODなどの指標と異なり、ゴミの量や水の臭いなど、人と河川のふれあいに関する新しい指標を用いて、住民との協働により、河川に近づきやすい地点で調査を実施した。その結果、約17%（50地点/294地点）が「泳ぎたいと思うきれいな川」と判定された。