環境省は、水環境行政の円滑な推進に資するため、平成18年度における水質汚濁防止法、瀬戸内海環境保全特別措置法及び湖沼水質保全特別措置法の各規定の施行状況について取りまとめた。その結果、排水規制の対象となる特定事業場の数は全体で約28万9千であり、その業種別内訳は、多い順に(1)旅館業（約7万件、約24%）、(2)畜産農業（約3万4千件、約12%）、(3)自動式車両洗浄施設（約3万件、約10%）であった。また、特定事業場に対する立入検査は約4万7千件、行政指導は約7千7百件であり、改善命令は37件、一時停止命令は１件、排水基準違反は12件、その他法違反は2件であった。