環境省生物多様性センターは、モニタリングサイト1000の一環として実施しているサンゴ礁調査について、第2期（2008-2012年度）が終了したことから、これまでの10年間の結果をとりまとめた報告書を公表した。同調査では、造礁サンゴ類を指標とし、全国24サイトにおいて、サンゴ被度や白化現象、オニヒトデの発生状況などのモニタリング調査を実施している。今回のとりまとめから、日本の主なサンゴ礁域（トカラ列島以南の海域）では2005年まで40%あった平均サンゴ被度が2006年に30%に減少し、その後も30%の状態が続いていた。主なサンゴ礁域のうち、石西礁湖では2007～2008年に白化現象や台風の影響によりサンゴ被度が大きく減少したが、その後、回復傾向にあることや、沖縄島周辺のサンゴ被度が調査開始から緩やかに増加を続けていた。一方、屋久島・種子島以北の高緯度サンゴ群集域では第1期・第2期を通して変わらず平均サンゴ被度が30%であったという。