環境省は、モニタリングサイト1000の一環として実施しているサンゴ礁調査について、平成28年度の調査結果（速報）を公表した。同調査では、日本沿岸域をサンゴ礁の分布状況から、1）屋久島・種子島以北の「高緯度サンゴ群集域」と、2）トカラ列島以南のサンゴ礁地形が見られる「主なサンゴ礁域」の2海域に分け、全国に24のモニタリングサイトを設置している。平成28年度は、トカラ列島の小宝島周辺を除く計23サイトで、調査を実施した。その結果、サンゴ白化現象については、1）では鹿児島県南部沿岸、屋久島・種子島周辺などで発生が確認されたが、白化から回復したと考えられる調査地点も多く、最終的な被害は全体として少ないものとなった。2）では、奄美群島から八重山諸島にかけての広い海域で、夏季の高水温が主な要因と考えられる白化現象の発生が確認され、石西礁湖（石垣島と西表島の間）内の4サイトおよび崎山湾（西表島西部）周辺では90%以上の白化率となった。平成28年度年次報告書は、平成29年4月中を目処に公表する予定という。