環境省那覇自然環境事務所は、西表石垣国立公園の石西礁湖海域（石垣島と西表島の間）において、サンゴ白化現象が進行していることを確認した。同省では、石西礁湖海域の海域（35地点）において、サンゴ白化現象の状況をスポットチェック法（15分間遊泳観察法）により調査している。平成28年度3回目となる11～12月の調査では、石西礁湖の平均白化率は91.4%であることが確認された。また、91.4%の内訳は、一部白化等（18.4%）、全体が完全に白化（2.9%）、全体が死亡（70.1%）となっている。9～10月（2回目）の調査結果を比較すると、「全体が死亡」が56.7%から70.1%に増加していたが、白化していない群体が3.0%から8.6%に増加していた。今後、残りの｢全体が完全に白化（2.9%）｣の多くが｢全体が死亡｣に移行することが予想されるという。