環境省は、阿蘇くじゅう国立公園区域の自治体（南阿蘇村）の立会いの下、熊本県および東海大学と「阿蘇地域の創造的復興に向けた地域循環共生圏の構築に関する協定」を締結した。同協定は、平成28年7月に発生した熊本地震により激甚な被害を受けた地域の復興に向けて、三者が協力し、阿蘇山から有明海に至る森里川海のつながりを意識し、豊かな地域循環共生圏の構築を目指すもの。地域の様々な関係者と協力を図り、「研究プロジェクト」および「地域創生プロジェクト」に相互に連携して取り組む。平成31年度末を目途として、東海大学森里川海研究所（仮称）設立などに取り組むという。