環境省は、平成28年9月30日付けで、化学的酸素要求量（COD）、窒素含有量及びりん含有量に係る総量削減基本方針（東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海）を策定したと発表した。この基本方針は、水質汚濁防止法及び瀬戸内海環境保全特別措置法に基づき環境大臣が策定するもので、汚濁負荷量の削減目標量及び目標年度等の基本的な事項を定めた水質総量削減制度の根幹を成すもの。今回の第8次総量削減基本方針では、目標年度を平成31年度をとして、東京湾・伊勢湾は今後も水環境の改善を進めるため、大阪湾は窒素及びりんの環境基準の達成率を勘案しつつ、特に有機汚濁解消の観点から水環境の改善を進めるため、瀬戸内海（大阪湾を除く）は現在の水質を悪化させないために、削減目標量の達成を図ることとしている。CODの削減目標量は、東京湾が155トン/日、伊勢湾が133トン/日、瀬戸内海が404トン/日となっている。今後、同方針に基づき、関係都府県が削減目標の達成に向けて総量削減計画の策定及び総量規制基準の設定が行われる。