環境省は、平成23年6月15日付けで、化学的酸素要求量（COD）、窒素含有量及びりん含有量に係る総量削減基本方針（東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海）を策定すると発表した。この基本方針は、水質汚濁防止法及び瀬戸内海環境保全特別措置法に基づき環境大臣が策定するもので、汚濁負荷量の総量の削減目標及び目標年度等の基本的な事項を定め、水質総量削減制度の根幹を成すもの。今回の第７次総量削減基本方針では、平成26年度を目標年度として、削減目標及びその達成のための方途等を示す予定であり、例えばCODの削減目標量は、東京湾が177[トン/日]、伊勢湾が146[トン/日]、瀬戸内海が472[トン/日]となっている。また、同方針では、環境基準達成率の改善が十分でない東京湾と伊勢湾では、今後も水環境改善のための各種対策を推進し、他の対象水域に比べて水質が良好な瀬戸内海（大阪湾を除く）では、現在の水質が悪化しないよう必要な対策を講じるとしている。今後、同方針に基づき、関係都府県において、削減目標の達成に向けた総量削減計画の策定及び総量規制基準の設定が行われる。