環境省は、沿岸透明度の目標設定に係る考え方や手順を整理し、「（参考）沿岸透明度の目標設定ガイドライン」を公表した。平成27年12月に中央環境審議会会長から環境大臣へなされた答申（水質汚濁に係る生活環境の保全に関する環境基準の見直しについて）」を受けて、水生植物の生育や親水利用の観点から、湖沼および海域における地域環境目標としての「沿岸透明度」の目標値を設定し、国として一定程度の整理を行った上でガイドラインを示すこととなった。同ガイドラインは、地域における目標設定の参考資料としての活用を想定したもので、1)目標値設定の基本的考え方、2)目標値の設定と水域への当てはめの考え方、3)測定・評価方法、4)資料編（平成28年度に諏訪湖と小浜湾で実施したモデル事業の結果など）が取りまとめられている。